Plus de 2 000 sites archéologiques sont actuellement recensés sur l’archipel maltais qui se compose des deux principales îles, Malte et Gozo. Ce patrimoine couvre essentiellement les huit derniers millénaires, bien qu’une occupation dès le Paléolithique supérieur soit probable mais non encore prouvée. Sa position au cœur de la méditerranée et à peu de distance de la Sicile explique les influences que cet archipel a subies et l’intérêt géo-politique qu’il a suscité de tout temps.
Une densité de population parmi les plus fortes au monde, de nombreux projets d’aménagement, enfin l’existence d’importants monuments dits mégalithiques classés au patrimoine mondial de l’Unesco, expliquent entre autres l’attention que le ministère des Affaires rurales et de l’Environnement porte au patrimoine maltais et à sa protection. Depuis 1925 et la loi « Chapter 54 - Antiquities Protection Act », celui-ci fait l’objet d’un recensement pour l’établissement d’une liste, au sein de laquelle les biens et constructions archéologiques sont classés en vue de leur protection. Créée en 1992, la Mepa (Malta Environment and Planning Authority) a reçu en 2010 mission de dresser la liste des biens classés (la première datant de 1994 et comprenant trois listes – architecture et ingénierie, archéologie et patrimoine naturel). La Mepa comprend en son sein le comité consultatif du patrimoine (culture, nature), dont la première section forme le comité consultatif pour le patrimoine culturel. Celui archéologique peut être réparti en 4 classes de protection, la première (A) interdisant toute destruction et modification du monument ou du gisement comme de son environnement immédiat sur une zone d’au moins 100 m autour du site. La dernière (C) reconnaît l’intérêt du site comme caractéristique d’un type déjà connu et peut autoriser sa destruction ou son recouvrement lors de travaux.
Bien que présentant un même biotope que la Sicile, Malte n’aurait pas été occupée durant le Paléolithique supérieur (?). Ce sont sans doute les conditions de conservation qui expliquent l’absence de données avant 5 400 av. J.-C. Dans l’attente des prospections en cours pour localiser d’éventuelles grottes immergées (comme Cosquer en France), les premières occupations reconnues sont datées de la fin du VIe millénaire et marquées par l’influence de populations originaires de Sicile. Fondées sur les datations C14 et l’étude des productions céramiques, la chronologie des premiers temps maltais appartient à la révolution du Néolithique, la grotte de Għar Dalam ayant livré des ossements humains et des vases influencés par la céramique sicilienne de Stentinello. Cette première phase a aussi livré des habitats domestiques à huttes en briques crues. Elle se termine avec l’émergence du mégalithisme à Skorba (vers 5200 av. J.-C.), offrant l’un des plus anciens exemples de constructions monumentales connues au monde. La phase dite des temples maltais (4 100-2 500 av. J.-C.) constitue un temps inattendu de l’occupation humaine ; 17 sites ont été inventoriés, regroupant en tout 33 temples (un quinzaine d’autres disparus depuis 1940). Du fait de leur morphologie et de leur originalité, ces constructions mégalithiques à chambres ou absides multiples (auxquelles s’associent des hypogées) ont été classées au patrimoine de l’humanité (en 1980 le temple de Ġgantija et l’hypogée de Ħal Saflieni et en 1992 par extension, les sites de Mnajdra, Ħaġar Qim, Tarxien, Ta’ Ħaġra et Skorba). Ils sont devenus le symbole national de Malte.
À partir de l’âge du Bronze (2500 av. J.-C.), les sites témoignent de la venue de nouvelles populations de Sicile, remplaçant les bâtisseurs des temples et revivifiant la culture maltaise. La phase des cimetières de Tarxien est celle de l’émergence de nouveaux habitats pratiquant l’incinération. Elle s’achève avec l’émergence de fortifications sur des collines ou sur le promontoire de Borġ in-Nadur à Malte (phase de Borġ in-Nadur entre 1500–900 av. J.-C.). La fin de l’âge du Bronze forme la phase de Baħrija (900–725 av. J.-C.), marquée par des populations venues de Calabre. Bien que présents dès le IXe siècle av. J.-C., les Phéniciens font entrer l’île dans l’histoire, en 725 av. J.-C. Leur succéderont les Carthaginois, puis les Romains à partir de 218 av. J.-C. Les vestiges antiques sont relativement nombreux, tels ceux de la villa romaine à Rabat, et de l’habitat urbain de Mdina. Débuté avec la présence vandale puis la venue de Byzantins, le haut Moyen-Age maltais offre de nombreux monuments dont les catacombes de Sainte-Agathe (IVe siècle) et le baptistère chrétien de Tas-Silġ. La période arabe (870-1091) va fortement influencer l’histoire maltaise avec la venue de colons arabo-berbères (nombreux habitats). Lui succéderont la période médiévale et la domination normande (édifices normands de Mdina) puis celles des Hohenstoffen (construction de castrum maris) et les occupations angevine et aragonaise. La période moderne est celle de la fondation de la Valette en 1566, après que Charles Quint ait remis la jouissance et la protection de l’île à l’ordre de Saint-Jean de Jérusalem (1530-1598) en 1530, pour un salaire symbolique d’un faucon par an.
